광대한 바다를 누비면서 화물을 나르는 무역선, 리버틴 호. 그 배의 선장은 포악하기 그지 없고, 특히 심부름꾼 소년을 싫어한다. 선장은 소년에게 쓸데 없는 시비를 걸고, 잔인하게 채찍질한다. 이후, 선장을 죽여야겠다고 결심한 소년. 그리고 배의 시계 역할을 하는 종이 2번 울린 순간, 소년이 그 결심을 굳히고, 숨겨둔 칼을 찾아 선장실로 들어간다. 이렇게 선장 살인 사건이 벌어지는가 싶었지만, 사실 선장에게는 또다른 칼 자국이 남아 있다는 것이 밝혀지고 온 배가 수수께끼에 휩싸인다.